شاه خلیلالله سوم (۱۷۴۰–۱۸۱۷)، چهلوپنجمین امام جامعه شیعه اسماعیلی نزاری بود. او در کرمان زاده شد و از دو سالگی تحت سرپرستی عمویش، میرزا محمد باقر، در محلات تربیت یافت. آموزشهای اولیه او در خانه انجام شد. در ۱۷۹۲ میلادی، پس از درگذشت پدرش ابوالحسن علی، به امامت رسید و مرکز امامت را از کرمان به کورک انتقال داد. او به مدت ۲۰ سال در این جایگاه رهبری کرد.
نام شاه خلیلالله، نامی صوفیانه از طریقت نعمتاللهی بود که نشاندهنده ارتباط نزدیک بین اسماعیلیان نزاری و نعمتاللهیها است. در ۱۸۱۵، برای نزدیکی بیشتر به پیروان هندی خود، به یزد مهاجرت کرد.
درگذشت و جانشینی
شاه خلیلالله در ۱۸۱۷، در ۷۷ سالگی، در پی حملهای که توسط ملاحسین یزدی، یک روحانی دوازدهامامی، تحریک شده بود، درگذشت. این حمله در پی اختلاف بین برخی اسماعیلیان و بازاریان دوازدهامامی رخ داد، اما هدف اصلی یزدی احتمالاً تضعیف نفوذ روزافزون اسماعیلیان بود. در این حمله، خانه امام نیز غارت شد. فتحعلیشاه قاجار، به دلیل روابط خوب با امام، ملاحسین یزدی را مجازات کرد.
امام در شهر مقدس نجف عراق به خاک سپرده شد. آرامگاه او همچنین محل دفن برخی از بستگان و نوادگانش است. شاه خلیلالله آخرین امام نزاری بود که تمام دوران امامت خود را در ایران گذراند. پس از او، پسر بزرگش شاه حسن علی به امامت رسید که نخستین امام نزاری با عنوان آقا خان بود. این عنوان تا به امروز ادامه دارد.
پس از درگذشت امام، اسماعیلیان ایران به اندازهای قدرتمند شدند که توانستند بهطور علنی از تقیه دست بردارند، سنتی که بیش از ۵۰۰ سال ادامه داشت.