یوروکربدیبی چیست؟
یوروکربدیبی (EuroCarbDB) یک ابتکار اروپایی بود که با حمایت مالی اتحادیه اروپا راهاندازی شد. هدف این پروژه، ساخت نرمافزارها و استانداردهایی برای گردآوری منظم ساختار کربوهیدراتها و دادههای آزمایشگاهی مربوط به آنها بود. این پروژه در سال ۲۰۱۰ بهدلیل نبود بودجه متوقف شد، اما دادهها و ابزارهای آن در پژوهشهای گلیکوبیولوژی تأثیرگذار باقی ماند.
دادههایی که یوروکربدیبی مدیریت میکرد
این سامانه پایگاهی از ساختارهای شناختهشده کربوهیدرات و دادههای آزمایشگاهی آنها فراهم میکرد. تمرکز اصلی بر دادههای طیفسنجی جرمی، کروماتوگرافی مایع با کارایی بالا (HPLC) و رزونانس مغناطیسی هستهای (NMR) بود. کاربران از طریق یک درگاه وب میتوانستند در دادهها پیمایش کنند، جستوجو انجام دهند و ساختارها یا دادههای جدید را به پایگاه داده اضافه کنند.
ابزارهای بیوانفورماتیکی وابسته
یوروکربدیبی فقط یک پایگاه داده نبود؛ این پروژه چند ابزار تخصصی نیز برای پژوهشگران حوزه کربوهیدراتها و گلیکانها توسعه داد:
- GlycanBuilder: یک اپلت جاوا برای رسم ساختار گلیکانها
- GlycoWorkbench: یک برنامه مستقل جاوا برای تحلیل و نشانگذاری نیمهخودکار طیفهای جرمی گلیکانها
- GlycoPeakfinder: یک برنامه تحت وب برای محاسبه ترکیب گلیکانها بر پایه دادههای جرمی
میزبانی و ادامه مسیر پروژه
نسخه رسمی آنلاین یوروکربدیبی تا سال ۲۰۱۲ در مؤسسه اروپایی بیوانفورماتیک و روی دامنه www.ebi.ac.uk میزبانی میشد و پس از آن به relax.organ.su.se منتقل شد. پس از توقف پروژه، کدهای یوروکربدیبی در UniCarb-DB ادغام و توسعه داده شد؛ پایگاهی که کارهای پایگاه داده GlycoSuite، که دیگر فعال نیست، را نیز در خود جای داده است.
منابع و پیوندهای بیرونی
در اسناد مرتبط با EuroCarbDB به نسخه آنلاین پایگاه داده، پروژه Google Code، انتشار اولیه طرح و گزارشهای رسمی اشاره شده است. با این حال، برخی از این پیوندها، از جمله وبگاه رسمی گزارشها و توصیهها، دیگر فعال نیستند.