مقدمه
با پیشرفت فناوریهای توالییابی، هزینه توالییابی ژنوم و ترانسکریپتوم به طور چشمگیری کاهش یافته است. این امر امکان مطالعه ترانسکریپتوم ارگانیسمهای متنوعی را فراهم کرده است. اسمبل de novo ترانسکریپتوم روشی است که بدون نیاز به ژنوم مرجع، ترانسکریپتوم را ایجاد میکند.
اسمبل de novo در مقابل اسمبل مرجعمحور
اسمبل de novo به دلیل هزینه کمتر و سهولت بیشتر، روش ترجیحی برای مطالعه ارگانیسمهای غیرمدل است. این روش میتواند ترانسکریپتهایی را بازیابی کند که در اسمبل ژنوم مرجع وجود ندارند.
ترانسکریپتوم در مقابل اسمبل ژنوم
پوشش توالی ترانسکریپتوم به طور مستقیم نشاندهنده سطح بیان ژن است، در حالی که پوشش توالی ژنوم میتواند به دلیل توالیهای تکراری در مناطق غیرکدکننده متغیر باشد.
روش
فرایند اسمبل de novo شامل استخراج RNA، ساخت کتابخانه cDNA، توالییابی و استفاده از الگوریتمهای اسمبل است. الگوریتمهایی مانند de Bruijn graphs و overlap graphs در این فرایند استفاده میشوند.
حاشیهنویسی عملکردی
ابزارهایی مانند Blast2GO و GOanna برای حاشیهنویسی عملکردی ترانسکریپتها استفاده میشوند. این ابزارها به درک عملکرد مولکولی و فرایندهای بیولوژیکی پروتئینها کمک میکنند.
تأیید و کنترل کیفیت
کیفیت اسمبل با استفاده از ابزارهایی مانند Transrate و DETONATE ارزیابی میشود. همچنین، ابزارهایی مانند BUSCO برای ارزیابی کمی محتوای ژن استفاده میشوند.