پروتئین TMCO4 (Transmembrane and coiled-coil domains 4)
پروتئین TMCO4، که با نام ژن رمزگذاریکننده آن نیز شناخته میشود، در انسانها وجود دارد. عملکرد دقیق این پروتئین هنوز به طور کامل شناخته نشده است. TMCO4 یک پروتئین غشایی است که پیشبینی میشود سه بار از غشای شبکه آندوپلاسمی عبور کند. این پروتئین با سایر پروتئینهایی که در توسعه سرطان نقش دارند، تعامل دارد، که این موضوع احتمال دخالت آن در بیماری سرطان را مطرح میکند.
ژن
ژن TMCO4 بر روی کروموزوم اول انسان، در موقعیت 1p36.13 و در رشته منفی قرار گرفته است. این ژن شامل 118,172 جفت باز است که از جفت باز 19,682,213 تا 19,800,385 امتداد دارد. هیچ نام مستعار رایجی برای TMCO4 وجود ندارد. ژنهای CAPZB و LOC105376823 در کروموزوم 1 در مجاورت TMCO4 قرار دارند. TMCO4 از 16 اگزون تشکیل شده است.
mRNA
بیست واریانت مختلف mRNA (X1-X20) از طریق ترکیبهای متفاوت شانزده اگزون مختلف تولید میشوند. رایجترین واریانت، X1 است که شامل تمام اگزونها بوده و کل 118,172 جفت باز را در بر میگیرد.
پروتئین
توالی اولیه
رایجترین پروتئین کدگذاری شده توسط TMCO4 دارای 634 اسید آمینه طول و شماره دسترسی XP_011539488.1 است.
خصوصیات عمومی و ترکیب
وزن مولکولی TMCO4 برابر با 67.9 کیلو دالتون و نقطه ایزوالکتریک آن 5.48 است. به طور کلی، پروتئین TMCO4 توزیع غیرطبیعی اسیدهای آمینه ندارد. این پروتئین دارای سه ناحیه طولانی بدون بار الکتریکی است که با موقعیت سه ناحیه مختلف غشایی مطابقت دارد. اولین دامنه سیتوزولی TMCO4 دارای مقادیر غیرطبیعی بالای لوسین و اسید گلوتامیک و مقادیر غیرطبیعی پایین آسپاراژین است. دامنه بزرگتر لومنیال TMCO4 نیز دارای مقادیر غیرطبیعی پایین آسپاراژین و فنیل آلانین است.
ویژگیهای پروتئین
دو ناحیه اصلی مورد علاقه در پروتئین TMCO4 شامل سه ناحیه غشایی و ناحیه بزرگ Abhydrolase است. پیشبینی میشود که انتهای N پروتئین TMCO4 در سیتوزول سلول قرار داشته باشد و انتهای C آن در لومن شبکه آندوپلاسمی. همچنین پیشبینی میشود که TMCO4 دارای یک زیپ لوسینی و یک دامنه مارپیچ بزرگ باشد.
ساختار ثانویه
بر اساس پیشبینیهای نرمافزار iTASSER، ساختار ثانویه TMCO4 عمدتاً از آلفا هلیکسها تشکیل شده است.
تعدیلات پس از ترجمه
مکانهای فسفریلاسیون متعددی برای دو ناحیه سیتوزولی TMCO4 پیشبینی شده است. مکانهای گلیکوزیلاسیون از نوع O-linked در انتهای دومین ناحیه لومنیال TMCO4 پیشبینی شدهاند. این مکانهای پیشبینی شده را میتوان در نمودار شماتیک TMCO4 یا در ترجمه مفهومی آن مشاهده کرد.
موقعیت زیرسلولی
TMCO4 به طور مداوم در غشای شبکه آندوپلاسمی در بین همولوگهای متعدد خود پیشبینی شده است.
پروتئینهای در تعامل
TMCO4 با بسیاری از پروتئینها تعامل دارد. یکی از پروتئینهای مورد توجه که TMCO4 با آن تعامل دارد، FLT1 است. FLT1 یک گیرنده VEGF است. VEGF نقش مهمی در توسعه سرطان ایفا میکند. سایر پروتئینهایی که TMCO4 از نظر تجربی با آنها تعامل نشان داده است عبارتند از UBB، UBC، KPTN و BVLF1. UBB و UBC یوبیکوئیتینهای پلی هستند که مولکولها را برای تخریب هدف قرار میدهند، که نشاندهنده تخریب TMCO4 در مقطعی از زمان است. KPTN پروتئینی است که در مورفوز نورونها ضروری است. BVLF1 یک پروتئین ویروس اپشتین-بار است.
همولوژی
پارالوگها
TMCO4 هیچ پارالوگ (ژنهای مشابه در همان گونه) ندارد.
ارتولوگها
ارتولوگهای (ژنهای مشابه در گونههای مختلف) TMCO4 را میتوان در باکتریها، آغازیان، گیاهان، قارچها، تریکوپلاکس، بیمهرگان، ماهیها، دوزیستان، خزندگان، پرندگان و پستانداران یافت. برخی از این ارتولوگها را میتوان در جدول زیر مشاهده کرد. ارتولوگها بر اساس تاریخ تکامل از انسان و سپس بر اساس درصد شباهت توالی مرتب شدهاند. TMCO4 یک ژن با تکامل سریع است که در طول تکامل به شدت حفظ شده است. نواحی از TMCO4 که در بین ارتولوگها به شدت حفظ شدهاند شامل دامنههای مختلف غشایی و ناحیه ابیدورولاز است.
بیان
TMCO4 در بسیاری از بافتها به شدت بیان میشود. بیشترین بیان در پروستات، نای، رحم، روده کوچک، جفت، تیروئید، غدد بزاقی و غدد فوق کلیوی رخ میدهد. پیشبینی میشود بیان TMCO4 توسط بسیاری از فاکتورهای رونویسی کنترل شود.
اهمیت بالینی
در حال حاضر، TMCO4 مستقیماً با هیچ بیماری یا فنوتیپی مرتبط نیست. با این حال، تعامل آن با یک گیرنده VEGF ممکن است نشاندهنده نقش بالقوه آن در سرطان باشد.
منابع
- ژنهای کروموزوم 1 انسان
- پروتئینهای انسان
- پروتئینهای غشایی