بیبلیوم چیست؟
بیبلیوم به کل پیکرهٔ متون زیستی گفته میشود؛ یعنی مجموعهای از مقالهها، گزارشها و منابع نوشتاری که اطلاعات زیستی در آنها ثبت شده است. این اصطلاح حدود سال ۲۰۰۰ در مؤسسه اروپایی بیوانفورماتیک (EBI) مطرح شد تا اهمیت دادهها و اطلاعات متنی در زیستشناسی برجسته شود.
واژههای همخانوادهای مانند literaturome و textome نیز کمتر رایج شدهاند، اما بیبلیوم بهمرور شناختهشدهتر شد.
ریشهٔ نام و الگوی واژهسازی
بیبلیوم از الگوی واژههایی مانند ژنوم، متابولوم، پروتئوم و ترنسکریپتوم پیروی میکند. در این الگو، پسوند «ـوم» به مجموعه یا گسترهٔ یک حوزه اشاره دارد؛ بنابراین میتوان از بیبلیوم زیستی، بیبلیوم سیاسی یا بیبلیوم حوزههای دیگر سخن گفت.
بیبلیوم را میتوان پیکرهٔ ادبیات پژوهشی دانست؛ مجموعهای از متون که دادههای متنی یک حوزه را در خود جای میدهد.
چرا بیبلیوم معمولاً به حوزه زیستپزشکی اشاره دارد؟
با وجود اینکه این واژه از نظر نظری میتواند برای حوزههای مختلف به کار برود، هنوز کاربرد اصلی و رایج آن در علوم زیستی و پزشکی است. به همین دلیل، وقتی امروز از بیبلیوم صحبت میکنیم، معمولاً منظورمان پیکرهٔ متون زیستپزشکی است.
به کار بردن بیبلیوم برای یک مجموعهٔ مشخص از متون، مانند MEDLINE، هم چندان دقیق نیست. واژههایی مانند ژنوم، پروتئوم، کانالوم، متابولوم و ترنسکریپتوم معمولاً به یک موجود زنده، مجموعه سلول یا زمان مشخص اشاره دارند؛ اما برای یک مجموعهٔ متنی مشخص، اصطلاح جاافتادهتری وجود دارد: «پیکره» یا corpus.
بیبلیومیکس چه کاربردی دارد؟
زیستشناسان و متخصصان علوم رایانه با دادهکاوی در بیبلیوم به دنبال الگوها، ارتباطها و سرنخهای پنهان میگردند. این تحلیلها میتوانند به شناسایی هدفهای ژنی تازه، کشف داروهای احتمالی و درک بهتر شبکههای زیستی کمک کنند.
بیبلیومیکس شاخهای از بیوانفورماتیک است که به مطالعه و تحلیل بیبلیوم میپردازد. از همین رو، بیبلیوم صرفاً یک واژهٔ ظاهری یا شبهاوم نیست؛ بلکه مفهومی کاربردی است که متخصصان بیوانفورماتیک از آن استفاده میکنند.
ابزارهای تحت وب مرتبط
- EAGLi: موتور بازیابی زیستپزشکی برای جستوجو در MEDLINE.
- GOCat: ابزار طبقهبندی و مرور خودکار بر پایهٔ GO که حاشیهنویسی کارکردی متون زیستپزشکی را سادهتر میکند. این ابزار برای توصیف کارکردی فهرستهای ژن و پروتئین، بهویژه در دادههای حاصل از آزمایشهای با توان عملیاتی بالا، کاربرد دارد.
جایگاه بیبلیوم در خانوادهٔ اومیکس
بیبلیوم در امتداد خانوادهٔ واژههای «اومیکس» قرار میگیرد؛ با این تفاوت که موضوع آن مولکولها یا مسیرهای زیستی نیست، بلکه دادههای متنی و ادبیات پژوهشی است.
برای مطالعهٔ بیشتر، چکیدهٔ مقالهٔ «Mining the Bibliome» با عنوان «کاوش در بیبلیوم» منتشر شده است.