کلیسای مریم مقدس یا کلیسای مادر مقدس خدا، کلیسایی متعلق به کلیسای حواری ارمنی در شهر قدیم باکو، آذربایجان بود. این کلیسا در قرن هجدهم ساخته شد و در سال ۱۹۹۲ تخریب گردید. محل آن در سمت جنوبی برج دوشیزه، در تقاطع خیابان نفتچیلار، بین کاروانسرا (امروزه باشگاه موغام باکو) و خیابانهای حقیقت رضایوا و عارف زینالی قرار داشت.
به دلیل جمعیت کم ارمنیان در شهر قدیم نسبت به سایر مناطق باکو، این کلیسا دارای پاروکش بزرگی نبود. همین امر و پاک شدن آن از حافظه جمعی باکو، باعث شده اطلاعات کمی از آن باقی بماند و برخی اظهارنظرها در مورد آن متناقض باشد. لئونید برتانیسکی معتقد است که این کلیسا در نزدیکی کاروانسرای ارمنی و زیر برج دوشیزه ساخته شده بود. بنیامین آروستامیان نیز اشاره میکند که احتمالاً حمدالله مستوفی قزوینی (۱۲۸۱–۱۳۴۴) به وجود کلیسایی ارمنی در این منطقه اشاره کرده است.
بر اساس گفتههای آروستامیان، کلیسای مریم مقدس (سورپ آستواتساتسین) در سال ۱۷۹۹، در دوره حکومت قاجار، در پای برج دوشیزه و داخل دژ باکو ساخته شد و در دهه ۱۹۳۰ تخریب گردید. با این حال، این کلیسا تا زمان مناقشه قرهباغ پابرجا بود، چنانکه در چندین عکس نیز دیده میشود. در واقع، کلیسای سنت تادئوس و بارتلمی در باکو بود که در دوران استالین تخریب شد.
در اواخر قرن نوزدهم، کشیش ارمنی مارکار بارخوداریانس اشاره کرد که ارمنیان باکو دو کلیسای سنگی داشتند: یکی بزرگ به نام گریگور روشنگر و دیگری کوچکتر به نام سورپ آستواتساتسین. او کلیسای سورپ آستواتساتسین را بسیار قدیمی توصیف کرد که این امر از شکل معماری داخلی و خارجی آن مشخص بود.
توماس د وال نیز به نقل از یک دیپلمات که در سال ۱۹۹۲ در باکو کار میکرد، اشاره میکند که در اوج مناقشه قرهباغ، این کلیسا تخریب شد و امروزه در محل آن فضایی خالی در نزدیکی برج دوشیزه وجود دارد.
همچنین ببینید: کلیسای گریگور روشنگر، تنها کلیسای باقیمانده ارمنی در باکو.