مسجد ناگویا، واقع در منطقه ناکامورا در شهر ناگویا، استان آیچی ژاپن، در سال ۱۹۹۸ با تلاش مسلمانان محلی ساخته شد. پیش از ساخت این مسجد، مسجدی به نام مسجد مسلمانان ناگویا در این منطقه وجود داشت که در جریان جنگ جهانی دوم تخریب شد.
در دهه ۱۹۸۰، مسلمانان منطقه شروع به جمعآوری کمکهای مالی برای ساخت مسجد کردند. سرانجام، مسجد در سال ۱۹۹۸ تکمیل شد. در سال ۲۰۰۲، این مرکز به عنوان یک مؤسسه مذهبی با نام مرکز اسلامی ناگویا به رسمیت شناخته شد و از آن زمان مدیریت مسجد را بر عهده گرفت. این سازمان همچنین در سال ۲۰۰۸ مسجدی به نام گیفو مسجد در استان گیفو تأسیس کرد.
مرکز اسلامی ناگویا به توزیع انتشارات و ارائه کتابچههای معرفی اسلام میپردازد و نقش مهمی در آشنایی جامعه محلی با اسلام دارد.