انجمن فرنولوژی بوستون در سال ۱۸۳۲ میلادی، پس از درگذشت یوهان گاسپار اسپورتسهیم، فرنولوژیست برجسته اروپایی، تأسیس شد. این انجمن توسط ناهوم کیپن، یکی از پیروان فرنولوژی، در روز تشییع جنازه اسپورتسهیم بنیان نهاده شد. هدف اصلی انجمن، بررسی اصول فرنولوژی و تأثیر آن بر شرایط جسمی، اخلاقی و فکری انسان بود.
اولین جلسه انجمن در ۳۱ دسامبر ۱۸۳۲، مصادف با سالروز تولد اسپورتسهیم، با حضور ۹۰ عضو برگزار شد. از اعضای برجسته انجمن میتوان به ناهوم کیپن، کشیش جان پیرپونت، ویلیام بی. فاول، و دکتر جان فلینت اشاره کرد.
در سال ۱۸۳۳، انجمن انتشار نشریه فصلی «سالنامه فرنولوژی» را آغاز کرد. این نشریه به دفاع از فرنولوژی در برابر منتقدان و ترویج آن به عنوان علمی مرتبط با رفاه اجتماعی و ماموریتهای مسیحی میپرداخت.
مجموعه انجمن شامل مجسمهها، قالبها، جمجمهها و نقاشیهای افراد مشهور بود. در سال ۱۸۴۷، این مجموعه با قیمت ۱۵۰ دلار به دکتر جان کالینز وارن فروخته شد و به موزه آناتومیک وارن در دانشکده پزشکی هاروارد منتقل گردید.
مجموعه انجمن شامل جمجمه اسپورتسهیم، قفل موی او، قلب و مغزش بود. همچنین جمجمه دکتر رابرتسون، شاگرد و دوست اسپورتسهیم، طبق وصیت او در کنار جمجمه استادش قرار گرفت.