معرفی SQ1002
SQ1002 یک RNA کوچک ۱۹۱ نوکلئوتیدی است که در سویه ۶۳۰ کلوستریدیوئیدس دیفیسیل با توالییابی عمیق RNA شناسایی شد. وجود آن با نورترن بلات و RT-PCR تأیید شده و انتهای ۵ پرایم و ۳ پرایم مولکول نیز با روش RACE مشخص شده است.
موقعیت ژنومی و گستره حضور
این RNA در چند سویه کلوستریدیوئیدس دیفیسیل، در جایگاههای همتراز ژنومی میان یک ژن احتمالیِ اسیلترانسفراز و یک ژن انتقال آهن دوظرفیتی دیده میشود.
تاکنون هیچ همساختی برای SQ1002 در خارج از گونه کلوستریدیوئیدس دیفیسیل پیدا نشده است. با این حال، در سویه ۶۳۰ این باکتری، یک پارالوگ احتمالی میان ژن تریپتوفانیل-tRNA سنتتاز و یک شبهژن شناسایی شده است.
ساختار دوم؛ بیشتر یک فرضیه
به دلیل نبود تنوع توالی کافی، ساختار دوم پیشنهادی SQ1002 با هیچ شاهدی مبتنی بر همتغییری پشتیبانی نمیشود. بنابراین، الگوی ساختاری مطرحشده برای این RNA باید فرضی و موقتی در نظر گرفته شود.
نکات کلیدی
- طول: ۱۹۱ نوکلئوتید
- روشهای شناسایی: توالییابی عمیق RNA، نورترن بلات و RT-PCR
- تعیین انتهاها: RACE در دو سر ۵ پرایم و ۳ پرایم
- گروه: RNA غیرکدکننده