ینس مرگنتهالر (متولد ۱۳ ژوئن ۱۹۹۷) ورزشکار رشته دو و میدانی اهل کشور آلمان است.
او در حال حاضر مشغول تحصیل رشته مهندسی مکانیک در دانشگاه علوم کاربردی اسلینگن است. مرگنتهالر در سال ۲۰۲۱ موفق به کسب مدال طلای رشته دو ۳۰۰۰ متر با مانع در بازیهای جهانی دانشجویان تابستانی شد.