شهر فلینت میشیگان تاکنون تحت چهار منشور مختلف (۱۸۵۵، ۱۸۸۸، ۱۹۲۹، ۱۹۷۴) اداره شده است. منشور فعلی (۲۰۱۷) سیستم شهردار قوی را اعمال میکند که در آن شهردار نقش اصلی در اداره شهر دارد. همچنین، دفتری مستقل به نام امبودزمن وجود دارد که توسط شورای شهر با اکثریت دو سوم آرا برای دوره هفت ساله انتخاب میشود.
از سال ۲۰۱۵ تا ژانویه ۲۰۱۹، فلینت تحت نظارت هیئت انتقالی دولتی بود که مسئول بررسی و تصویب تمام مسائل مالی تصویبشده توسط شورای شهر و شهردار بود.
در ژوئن ۲۰۱۸، دفتر رسیدگیهای اداری (Blight Hearings Bureau) با هدف رسیدگی به شکایات مربوط به تخریب شهری تأسیس شد. این دفتر با انبوهی از حدود ۷۰۰۰ شکایت از سال ۲۰۱۳ مواجه بود.
شورای شهر فلینت متشکل از اعضای انتخابی از نه منطقه شهری است. همچنین، کمیسیون خدمات مدنی که در سال ۱۹۳۵ تأسیس شد، کنترل کامل بر مسائل پرسنلی داشت، اما اختیارات آن در منشور ۱۹۷۴ کاهش یافت.