انتخابات ریاستجمهوری ماداگاسکار در سال ۱۹۹۶ در دو مرحله برگزار شد. پس از استیضاح آلبرت زافی، رئیسجمهور وقت، و انتصاب نوربر راتسیراهونانا بهعنوان جانشین موقت، دور اول انتخابات در ۳ نوامبر و دور دوم در ۲۹ دسامبر برگزار شد.
در دور اول، دیدیه راتسیراکا، رئیسجمهور سابق، با کسب ۳۶.۶٪ آرا پیشتاز شد. با این حال، به دلیل عدم کسب اکثریت مطلق، دور دوم بین راتسیراکا و زافی برگزار شد. هریزو رازافیماهالئو، نامزد حزب لیدر-فانیلو، که در رتبه سوم قرار گرفت، از راتسیراکا حمایت کرد. راتسیراهونانا، رئیسجمهور موقت و نخستوزیر، نیز از زافی حمایت کرد.
در دور دوم، راتسیراکا با اختلاف اندکی پیروز شد. زافی در ۶ ژانویه ۱۹۹۷ ادعا کرد که تخلفات انتخاباتی رخ داده است. با این حال، دادگاه عالی قانون اساسی در ۳۱ ژانویه نتایج نهایی را تأیید کرد و راتسیراکا در ۹ فوریه سوگند یاد کرد.