انتخابات فرمانداری نیوهمپشایر در سال ۱۷۹۹، در تاریخ ۱۲ مارس برگزار شد. در این انتخابات، جان تیلور گیلمن، فرماندار فدرالیست کنونی، موفق به کسب پیروزی برای ششمین دوره متوالی شد.
این انتخابات نشاندهنده تداوم حمایت مردم نیوهمپشایر از سیاستهای فدرالیستها بود. گیلمن، با سابقه طولانی در سمت فرمانداری، توانست اعتماد رایدهندگان را بار دیگر جلب کند.