هایپربراوزر ژنومی (The Genomic HyperBrowser) یک سامانه تحت وب برای تحلیل آماری دادههای حاشیهنویسی ژنومی است. این ابزار به پژوهشگران کمک میکند رابطه میان مجموعهدادههای ژنومی را بررسی کنند و از دل آنها الگوهای آماری معنادار استخراج کنند.
تاریخچه
توسعه هایپربراوزر ژنومی از اوایل سال ۲۰۰۸ آغاز شد و در دسامبر ۲۰۱۰ بهصورت عمومی عرضه گردید. نسخه ۱.۶ این سامانه در مه ۲۰۱۳ منتشر شد. توسعه آن توسط پلتفرم بیوانفورماتیک نروژ انجام شده؛ پروژهای مشترک میان دانشگاه برگن، دانشگاه اسلو، دانشگاه علوم و فناوری نروژ، دانشگاه ترومسو و دانشگاه علوم زیستی نروژ. هایپربراوزر ژنومی نرمافزاری آزاد است و زیر مجوز GNU GPL نسخه ۳ منتشر میشود.
کاربرد و قابلیتها
هایپربراوزر ژنومی امکان انجام طیف گستردهای از پژوهشهای ژنومی را فراهم میکند؛ از بررسی تنظیم بیان ژن و ارتباط بیماریها با دادههای ژنومی گرفته تا مطالعه اصلاحات اپیژنتیکی و هیستونی.
تمرکز اصلی این سامانه بر استنباط آماری از رابطه میان تراکهای ژنومی است؛ با این حال، آمار توصیفی ساده و تحلیل تکتک تراکها را نیز پشتیبانی میکند.
- بررسی تنظیم بیان ژن
- تحلیل ارتباط بیماریها با نشانگرهای ژنومی
- مطالعه اصلاحات اپیژنتیکی و هیستونی
- مقایسه و تحلیل رابطه میان تراکهای ژنومی
برای نمونه، میتوان ارتباط میان اصلاحات هیستونی و بیان ژن را بررسی کرد. در این حالت، تراکهای مبتنی بر ChIP از اصلاحات هیستونی با تراکهای ژنهایی مقایسه میشوند که با مقادیر بیان بهدستآمده از آزمایش ریزآرایه نشاندار شدهاند.
سرور وب این سامانه مجموعه قابلتوجهی از تراکهای حاشیهنویسی در اختیار دارد و امکان بارگذاری تراکهای کاربر را نیز فراهم میکند. هایپربراوزر ژنومی بهصورت مستقل اجرا میشود، اما با پلتفرم گردشکار علمی Galaxy برای مدیریت دادههای ژنومی، بهویژه در بخش رابط کاربری، پیوند نزدیکی دارد.
پروژهای با هدف گردآوری رگولوم افتراقی بیماریها از هایپربراوزر ژنومی برای تطبیق عوامل رونویسی با همه بیماریهای انسانی استفاده کرد.
همچنین بخوانید
- مرورگر ژنوم UCSC
- Galaxy
پیوندهای بیرونی
- سرور وب هایپربراوزر
دستهبندی
نرمافزار آزاد زیستانفورماتیک