جام حذفی قبرس در فصل ۱۹۴۸–۱۹۴۹، دوازدهمین دورهی این مسابقات بود که با حضور ۸ باشگاه برگزار شد. این رقابتها در ۱۳ مارس ۱۹۴۹ با مرحلهی یکچهارم نهایی آغاز و در ۱۹ ژوئن ۱۹۴۹ با فینال تکراری در ورزشگاه جیاسپی به پایان رسید.
تمام تیمهای حاضر در لیگ برتر قبرس در این مسابقات شرکت کردند. رقابتها در سه مرحلهی حذفی برگزار شد و بازیها در زمین یکی از دو تیم انجام گرفت. در صورت تساوی، وقت اضافه و در صورت لزوم، بازی تکراری برگزار میشد.
فینال
فینال اصلی در دقیقهی ۸۷ به دلیل درگیریهای بازیکنان و تماشاگران ناتمام ماند. در بازی تکراری، آنورتوسیس با نتیجهی ۳–۰ برابر آپوئل پیروز شد و نخستین جام حذفی خود را کسب کرد.